肛瘘的治疗原则是手术为主，因为只有进行手术，才能找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，这是肛瘘治疗的关键。

　　①清除内口：手术时要找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，这是肛瘘治疗的关键。

　　②处理好瘘管及支管、死腔：要把瘘管的管道、支管、死腔等清除干净，以免术后复发。

　　③保留肛管直肠环：肛瘘手术时，应明确诊断，查明内口及瘘管走向，保留肛管直肠环，以维持正常的肛门括约功能。